Malattie reumatiche
Il più ampio studio di associazione genome-wide (in inglese genome-wide association study, o GWAS) nell'osteoartrosi mai condotto finora, mostra che esistono 8 nuove varianti genetiche associate alla malattia, per un totale di 11 se si considerano anche quelle già identificate in precedenza. La ricerca è stata pubblicata su The Lancet.
Come spiegato dagli esperti, i fattori genetici incidono per il 60% del rischio di sviluppare osteoartrosi. Nonostante gli sforzi compiti finora dai ricercatori, l'identificazione dei geni coinvolti nella patogenesi della malattia risulta difficile. Prima di questo studio, le varianti genetiche identificate, associate alla malattia, erano tre: GDF5, cromosoma 7q22 e MCF2L. Queste varianti genetiche influivano solamente su una porzione ridotta del rischio di sviluppare la malattia, suggerendo che esistevano altri geni implicati nello sviluppo della malattia che non erano ancora stati identificati.
Gli esperti della Newcastle University hanno confrontato i genomi di 7.400 pazienti osteoartrosi con quelli di 11.000 controlli sani. I siti genetici più promettenti sono stati poi confermati in un'altra analisi che ha confrontato i genomi di altri 7,500 pazienti con quelli di 43.000 controlli.
I ricercatori hanno così identificato 8 nuove varianti genetiche associate alla malattia. Di queste, 5 loci erano associati significativamente all'osteoartrosi, mentre gli altri 5 erano vicini alla soglia di significatività di uno studio GWAS. La variante più fortemente associata alla malattia era la rs6976 sul cromosoma 3p21.1 nella regione del gene GNL3 che codifica per la nucleostemina, una proteina necessaria al mantenimento delle capacità di proliferazione delle cellule.
Negli studi in vitro i livelli di nucleostemina risultavano più elevati nelle colture di condrociti provenienti da pazienti con osteoartrosi, rispetto alle cellule di controlli sani, suggerendo un possibile ruolo della proteina nella patogenesi della malattia.
Altri tre loci (CHST11,PTHLH e FTO), identificati nel nuovo studio sono collocati in regioni del genoma di interesse biologico in quanto includono geni che codificano per proteine coinvolte nella modulazione dei proteoglicani della cartilagine, nell'ossificazione endocondrale e nel peso corporeo.
Nell'epidemiologia genetica, uno studio di associazione genome-wide è un'indagine di tutti, o quasi tutti, i geni di diversi individui di una particolare specie per determinare le variazioni geniche tra gli individui in esame. In seguito si tenta di associare le differenze osservate con alcuni tratti particolari, ad esempio una malattia.
Questi studi normalmente mettono a confronto il DNA di due gruppi di persone: gli individui che presentano la malattia e individui sani il più possibile simili ai malati. Vengono prelevati dei campioni cellulari, ad esempio con un tampone orale. Da queste cellule viene estratto il DNA che è poi analizzato tramite un microarray, in grado di leggere milioni di sequenze. Questi "chip" vengono studiati al computer con tecniche bioinformatiche.
Se alcune variazioni genetiche sono significativamente più frequenti negli individui malati, allora le variazioni si dicono "associate" con la malattia. Queste variazioni sono poi considerate come indicative della regione in cui è probabile che si trovi anche la mutazione che causa la malattia.
Zeggini et al., Identification of new susceptibility loci for osteoarthritis (arcOGEN): a genome-wide association study, The Lancet, doi:10.1016/S0140-6736(12)60681-3
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Artrosi, identificate 8 nuove varianti genetiche associate alla malattia
Come spiegato dagli esperti, i fattori genetici incidono per il 60% del rischio di sviluppare osteoartrosi. Nonostante gli sforzi compiti finora dai ricercatori, l'identificazione dei geni coinvolti nella patogenesi della malattia risulta difficile. Prima di questo studio, le varianti genetiche identificate, associate alla malattia, erano tre: GDF5, cromosoma 7q22 e MCF2L. Queste varianti genetiche influivano solamente su una porzione ridotta del rischio di sviluppare la malattia, suggerendo che esistevano altri geni implicati nello sviluppo della malattia che non erano ancora stati identificati.
Gli esperti della Newcastle University hanno confrontato i genomi di 7.400 pazienti osteoartrosi con quelli di 11.000 controlli sani. I siti genetici più promettenti sono stati poi confermati in un'altra analisi che ha confrontato i genomi di altri 7,500 pazienti con quelli di 43.000 controlli.
I ricercatori hanno così identificato 8 nuove varianti genetiche associate alla malattia. Di queste, 5 loci erano associati significativamente all'osteoartrosi, mentre gli altri 5 erano vicini alla soglia di significatività di uno studio GWAS. La variante più fortemente associata alla malattia era la rs6976 sul cromosoma 3p21.1 nella regione del gene GNL3 che codifica per la nucleostemina, una proteina necessaria al mantenimento delle capacità di proliferazione delle cellule.
Negli studi in vitro i livelli di nucleostemina risultavano più elevati nelle colture di condrociti provenienti da pazienti con osteoartrosi, rispetto alle cellule di controlli sani, suggerendo un possibile ruolo della proteina nella patogenesi della malattia.
Altri tre loci (CHST11,PTHLH e FTO), identificati nel nuovo studio sono collocati in regioni del genoma di interesse biologico in quanto includono geni che codificano per proteine coinvolte nella modulazione dei proteoglicani della cartilagine, nell'ossificazione endocondrale e nel peso corporeo.
Nell'epidemiologia genetica, uno studio di associazione genome-wide è un'indagine di tutti, o quasi tutti, i geni di diversi individui di una particolare specie per determinare le variazioni geniche tra gli individui in esame. In seguito si tenta di associare le differenze osservate con alcuni tratti particolari, ad esempio una malattia.
Questi studi normalmente mettono a confronto il DNA di due gruppi di persone: gli individui che presentano la malattia e individui sani il più possibile simili ai malati. Vengono prelevati dei campioni cellulari, ad esempio con un tampone orale. Da queste cellule viene estratto il DNA che è poi analizzato tramite un microarray, in grado di leggere milioni di sequenze. Questi "chip" vengono studiati al computer con tecniche bioinformatiche.
Se alcune variazioni genetiche sono significativamente più frequenti negli individui malati, allora le variazioni si dicono "associate" con la malattia. Queste variazioni sono poi considerate come indicative della regione in cui è probabile che si trovi anche la mutazione che causa la malattia.
Zeggini et al., Identification of new susceptibility loci for osteoarthritis (arcOGEN): a genome-wide association study, The Lancet, doi:10.1016/S0140-6736(12)60681-3
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